פדיקור רפואי, לעומת זאת, מתמקד בטיפול בבעיות בריאותיות בכפות הרגליים, כמו ציפורניים חודרניות, פטרת עור וציפורניים, עור קשה וסדוק, ויבלות. הפדיקור הרפואי מבוצע על ידי איש מקצוע עם ידע רפואי ומותאם לצרכים רפואיים של כל מטופל. בפדיקור זה ישנה הקפדה על סטריליזציה ומניעת זיהומים, והוא מתאים במיוחד לחולי סכרת ולאנשים הסובלים מבעיות רפואיות בכפות הרגליים.